genomApp package

Subpackages

Submodules

genomApp.admin module

genomApp.apps module

class genomApp.apps.GenomappConfig(app_name, app_module)

Bases : AppConfig

default_auto_field = 'django.db.models.BigAutoField'
name = 'genomApp'

genomApp.forms module

class genomApp.forms.AddCommentForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'auteur': <django.forms.fields.CharField object>, 'date': <django.forms.fields.DateField object>, 'forum': <django.forms.fields.CharField object>, 'text': <django.forms.fields.CharField object>}
declared_fields = {'auteur': <django.forms.fields.CharField object>, 'date': <django.forms.fields.DateField object>, 'forum': <django.forms.fields.CharField object>, 'text': <django.forms.fields.CharField object>}
property media

Return all media required to render the widgets on this form.

class genomApp.forms.ContactUsForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'auteur': <django.forms.fields.CharField object>, 'auteur_nom': <django.forms.fields.CharField object>, 'message': <django.forms.fields.CharField object>, 'sujet': <django.forms.fields.CharField object>}
declared_fields = {'auteur': <django.forms.fields.CharField object>, 'auteur_nom': <django.forms.fields.CharField object>, 'message': <django.forms.fields.CharField object>, 'sujet': <django.forms.fields.CharField object>}
property media

Return all media required to render the widgets on this form.

class genomApp.forms.SearchAnnotation(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>}
declared_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>}
property media

Return all media required to render the widgets on this form.

class genomApp.forms.SearchAnnotationForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'description': <django.forms.fields.CharField object>, 'espece': <django.forms.fields.CharField object>, 'nom_gene': <django.forms.fields.CharField object>, 'symbol_gene': <django.forms.fields.CharField object>}
declared_fields = {'description': <django.forms.fields.CharField object>, 'espece': <django.forms.fields.CharField object>, 'nom_gene': <django.forms.fields.CharField object>, 'symbol_gene': <django.forms.fields.CharField object>}
property media

Return all media required to render the widgets on this form.

class genomApp.forms.SearchForumForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>}
declared_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>}
property media

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class genomApp.forms.SearchGenomeForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>, 'espece': <django.forms.fields.CharField object>, 'gcMax': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'gcMin': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'motif': <django.forms.fields.CharField object>, 'nomBDD': <django.forms.fields.ChoiceField object>, 'tailleMax': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'tailleMin': <django.forms.fields.IntegerField object>}
declared_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>, 'espece': <django.forms.fields.CharField object>, 'gcMax': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'gcMin': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'motif': <django.forms.fields.CharField object>, 'nomBDD': <django.forms.fields.ChoiceField object>, 'tailleMax': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'tailleMin': <django.forms.fields.IntegerField object>}
property media

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class genomApp.forms.SearchProteineGeneForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>, 'ID_chr': <django.forms.fields.CharField object>, 'espece': <django.forms.fields.CharField object>, 'gene': <django.forms.fields.CharField object>, 'motif': <django.forms.fields.CharField object>, 'nomBDD': <django.forms.fields.ChoiceField object>, 'tailleMax': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'tailleMin': <django.forms.fields.IntegerField object>}
declared_fields = {'ID': <django.forms.fields.CharField object>, 'ID_chr': <django.forms.fields.CharField object>, 'espece': <django.forms.fields.CharField object>, 'gene': <django.forms.fields.CharField object>, 'motif': <django.forms.fields.CharField object>, 'nomBDD': <django.forms.fields.ChoiceField object>, 'tailleMax': <django.forms.fields.IntegerField object>, 'tailleMin': <django.forms.fields.IntegerField object>}
property media

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class genomApp.forms.UpdateCommentForm(data=None, files=None, auto_id='id_%s', prefix=None, initial=None, error_class=<class 'django.forms.utils.ErrorList'>, label_suffix=None, empty_permitted=False, field_order=None, use_required_attribute=None, renderer=None)

Bases : Form

base_fields = {'auteur': <django.forms.fields.CharField object>, 'forum': <django.forms.fields.CharField object>, 'updated_date': <django.forms.fields.DateField object>, 'updated_text': <django.forms.fields.CharField object>}
declared_fields = {'auteur': <django.forms.fields.CharField object>, 'forum': <django.forms.fields.CharField object>, 'updated_date': <django.forms.fields.DateField object>, 'updated_text': <django.forms.fields.CharField object>}
property media

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genomApp.functionsVisualisationGenome module

genomApp.functionsVisualisationGenome.creat_fai(id)

Fonction pour la création des fichiers fai (fasta indexé) nécessaire pour la visualisation du génome

Paramètres:

id –

genomApp.functionsVisualisationGenome.create_gff(id)

Fonction pour la création des fichiers au format GFF nécessaire pour la visualisation du génome

Paramètres:

id –

genomApp.functionsVisualisationGenome.create_new_fa(id)

Fonction pour la création des fichiers fasta nécessaire pour la visualisation du génome

Paramètres:

id –

genomApp.models module

class genomApp.models.Annotation(*args, **kwargs)

Bases : Model

Classe pour les annotations de séquences

  • identifiant du chromosome

  • identifiant du gène

  • symbole du gène

  • description

  • identifiant de l’annotateur

  • identifiant du validateur

  • déjà annoté ou non

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

already_annotated

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

annotateur

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

annotateur_id
description

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

gene

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

gene_symbol

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

id

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

id_id
objects = <django.db.models.manager.Manager object>
validateur

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

validateur_id
class genomApp.models.CodantInfo(*args, **kwargs)

Bases : SeqInfo

Classe qui hérite de la classe SeqInfo donc pour les informations relatives à une séquence

  • identifiant

  • taille

  • phase de lecture

  • espèce

  • taux de GC

Et pour les informations relatives aux séquences codantes (protéines & CDS)

  • identifiant du chromosome

  • type de séquences (CDS ou Peptide)

  • identifiant du gène

  • start

  • stop

  • transcript

  • …

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

TYPE_CHOICES = ((1, 'CDS'), (2, 'Peptide'))
annotation_set

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

chromosome

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

chromosome_id
codant_type

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

description

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

espece

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

forum_set

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

gc_rate

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

gene

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

gene_biotype

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

gene_symbol

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

get_codant_type_display(*, field=<django.db.models.fields.PositiveSmallIntegerField: codant_type>)
id

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

is_plasmid

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

objects = <django.db.models.manager.Manager object>
phaseLecture

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

sequencecodant_set

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

start

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

stop

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

taille

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

transcript

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

transcript_biotype

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

class genomApp.models.Commentaire(*args, **kwargs)

Bases : Model

Classe pour les commentaires

  • identifiant du forum (correspond à un id de protéine)

  • texte du commentaire

  • auteur du commentaire

  • date de création du commentaire

  • date de modification du commentaire

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

auteur

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

auteur_id
date

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

date_update

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

get_next_by_date(*, field=<django.db.models.fields.DateField: date>, is_next=True, **kwargs)
get_previous_by_date(*, field=<django.db.models.fields.DateField: date>, is_next=False, **kwargs)
id

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

id_forum

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

id_forum_id
objects = <django.db.models.manager.Manager object>
text

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

class genomApp.models.Forum(*args, **kwargs)

Bases : Model

Classe pour les forums

  • identifiant du forum (correspond à un id de protéine)

  • identifiant du chromosome

  • auteur du forum

  • date de création

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

auteur

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

auteur_id
date

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

get_next_by_date(*, field=<django.db.models.fields.DateField: date>, is_next=True, **kwargs)
get_previous_by_date(*, field=<django.db.models.fields.DateField: date>, is_next=False, **kwargs)
id

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

id_chromosome

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

id_chromosome_id
id_forum

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

id_id
objects = <django.db.models.manager.Manager object>
class genomApp.models.Genome(*args, **kwargs)

Bases : SeqInfo

Classe qui hérite de la classe SeqInfo donc pour les informations relatives à une séquence

  • identifiant

  • taille

  • phase de lecture

  • espèce

  • taux de GC

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

codantinfo_set

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

espece

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

forum_set

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

gc_rate

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

id

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

objects = <django.db.models.manager.Manager object>
phaseLecture

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

sequencegenome_set

Accessor to the related objects manager on the reverse side of a many-to-one relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Parent.children is a ReverseManyToOneDescriptor instance.

Most of the implementation is delegated to a dynamically defined manager class built by create_forward_many_to_many_manager() defined below.

taille

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

class genomApp.models.SeqInfo(*args, **kwargs)

Bases : Model

Classe pour les informations relatives à une séquence

  • identifiant

  • taille

  • phase de lecture

  • espèce

  • taux de GC

class Meta

Bases : object

abstract = False
espece

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

gc_rate

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

id

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

phaseLecture

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

taille

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

class genomApp.models.SequenceBase(*args, **kwargs)

Bases : Model

Classe pour les séquences

class Meta

Bases : object

abstract = False
sequence

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

class genomApp.models.SequenceCodant(*args, **kwargs)

Bases : SequenceBase

Classe qui hérite de la classe SequenceBase et pour les séquences codantes

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

id

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

id_id
objects = <django.db.models.manager.Manager object>
sequence

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

class genomApp.models.SequenceGenome(*args, **kwargs)

Bases : SequenceBase

Classe qui hérite de la classe SequenceBase et pour les séquences génomiques

exception DoesNotExist

Bases : ObjectDoesNotExist

exception MultipleObjectsReturned

Bases : MultipleObjectsReturned

id

Accessor to the related object on the forward side of a many-to-one or one-to-one (via ForwardOneToOneDescriptor subclass) relation.

In the example:

class Child(Model):
    parent = ForeignKey(Parent, related_name='children')

Child.parent is a ForwardManyToOneDescriptor instance.

id_id
objects = <django.db.models.manager.Manager object>
sequence

A wrapper for a deferred-loading field. When the value is read from this object the first time, the query is executed.

genomApp.tests module

genomApp.urls module

genomApp.views module

genomApp.views.accueil(request)

Fonction view pour la page d’accueil

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur

genomApp.views.accueil_annotateur(request)

Fonction view pour la page d’accueil annotateur qui montre les annotations possibles pour l’utilisateur

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et pas d’accès à la page si l’utilsateur n’est pas connecté ou s’il n’a pas le rôle requis

genomApp.views.accueil_forum(request)
genomApp.views.accueil_validateur(request)

Fonction view pour la page d’accueil de validation

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et pas d’accès à la page si l’utilsateur n’est pas connecté ou s’il n’a pas le rôle requis

genomApp.views.affectation_annotation(request, result_id)

Fonction view pour la page d’affectations d’annotations pour l’identifiant sélectionné

Paramètres:

result_id (request,) –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et pas d’accès à la page si l’utilsateur n’est pas connecté ou s’il n’a pas le rôle requis

genomApp.views.allowed_to_annotate(user, id_prot)
Fonction qui renvoie :

  • True si l’utilisateur est autorisé à annoter la protéine

  • False sinon

Paramètres:

  • user –

  • id_prot –

Return boolean:

genomApp.views.annotateurs_from_validateur(validateur)

Fonction qui retourne les annotateurs (et leurs annotations éventuelles) d’un validateur

Paramètres:

validateur –

Renvoie:

une liste contenant les différentes informations sur les annotateurs et leurs annotations éventuelles

genomApp.views.blastRedirection(request, result_id)

Fonction view pour la redirection vers blast

Paramètres:

  • request –

  • result_id –

Return HttpResponseRedirect:

redirige vers le site BLAST (blastn ou blastp)

genomApp.views.contact(request)
genomApp.views.deleteComment(request, id_forum, id_com)
genomApp.views.displayComment(request, id)
genomApp.views.email_envoi(request)
genomApp.views.erreur(request)

Fonction view pour la page d’erreur

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

page de non accès via un url

genomApp.views.forum(request, id)
genomApp.views.geneProteineAutocomplete(request)

Fonction qui permet l’autocomplétion dans les formulaires pour les noms de gènes

Paramètres:

request –

Renvoie:

une liste avec les noms de gènes possibles en fonction des caractères entrés dans le formulaire

genomApp.views.get_annotateurs()

Fonction qui retourne les annotateurs

genomApp.views.get_annotations(user)

Fonction qui renvoie la liste des identifiants qu’un annotateur peut annoter

Paramètres:

user –

Renvoie:

un tuple composé de deux listes

genomApp.views.get_annotations_validateur(user)

Fonction qui retourne la liste des annotations dont l’utilisateur est validateur

Paramètres:

user –

Renvoie:

liste des identifiants

genomApp.views.get_current_annotateur(result_id)

Fonction qui retourne l’annotateur actuel pour une protéine s’il existe

Paramètres:

result_id –

Renvoie:

prénom et nom de l’annotateur s’il existe

genomApp.views.get_dico_annotateurs(annotateurs)

Fonction qui retourne les informations concernant les annotateurs

Paramètres:

annotateurs –

Renvoie:

liste avec les informations sur les annotateurs : email, prénom et nom

genomApp.views.get_espece(id)

Fonction qui retourne le nom de l’espèce d’une protéine/CDS depuis son identifiant court

Parameter:

id

Renvoie:

nom de l’espèce

genomApp.views.get_names(user)

Fonction qui retourne le prénom et le nom d’un utilisateur

Paramètres:

user –

Return string:

prénom et nom

genomApp.views.get_names_from_email(email)

Fonction qui retourne le prénom et le nom d’un utilisateur depuis son email

Paramètres:

email –

Renvoie:

prénom et nom

genomApp.views.get_users()
Fonction get_usersrenvoie les informations sur un utilisateur
  • si un utilisateur connectéson rang de profil (lecteur, annotatateur, ….), son statut (connecte),

    son prénom-nom et son email

  • si aucun utilisateur connecté : rang de profile : 0 et connecte=False

Renvoie:

un dictionnaire d’informations

genomApp.views.idGenomeAutocomplete(request)

Fonction qui permet l’autocomplétion dans les formulaires pour les identifiants de génome

Paramètres:

request –

Renvoie:

une liste avec les identifiants de génome possibles en fonction des caractères entrés dans le formulaire

genomApp.views.idProteineAutocomplete(request)

Fonction qui permet l’autocomplétion dans les formulaires pour les identifiants de protéines

Paramètres:

request –

Renvoie:

une liste avec les identifiants de protéines possibles en fonction des caractères entrés dans le formulaire

genomApp.views.informationsRelativesProteineGene(request, result_id)

Fonction view pour la page d’informations relatives aux protéines/CDS

Paramètres:

  • request –

  • result_id –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et la page affiche les résultats en fonction de l’identifiant choisi lors des résultats au formulaire

genomApp.views.protein_annotation(request, result_id)

Fonction qui permet la modification d’une annotation

Paramètres:

  • request –

  • result_id –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et la page affichée dépend de l’identifiant de l’annotation

genomApp.views.protein_not_being_annotated(validateur)

Fonction qui retourne les identifiants des protéines qui n’ont pas été annotés

Paramètres:

validateur –

Renvoie:

une liste contenant les identifiants des protéines

genomApp.views.qui_sommes_nous(request)
genomApp.views.recherche_affectation_annotation(request)

Fonction view pour la page d’accueil pour les affectations d’annotations

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et pas d’accès à la page si l’utilsateur n’est pas connecté ou s’il n’a pas le rôle requis

genomApp.views.remove_header(id)

Fonction pour supprimer l’header des identifiants du codant

Paramètres:

id –

Return id:

sans header

genomApp.views.resultatsFormulaireGenome(request)
genomApp.views.resultatsFormulaireProteineGene(request)
genomApp.views.seq_deja_affectees(request)

Fonction view pour la page des séquences déjà affectées qui montre les annotateurs avec les séquences qui leur sont affectées

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et pas d’accès à la page si l’utilsateur n’est pas connecté ou s’il n’a pas le rôle requis

genomApp.views.seq_type(sequence)

Fonction pour déterminer le type de séquence (nucléotidique ou peptidique)

Paramètres:

sequence –

Renvoie:

type de séquence

genomApp.views.speciesGenomeAutocomplete(request)

Fonction qui permet l’autocomplétion dans les formulaires pour les noms d’espèces

Paramètres:

request –

Renvoie:

une liste avec les espèces possibles en fonction des caractères entrés dans le formulaire

genomApp.views.speciesProteineAutocomplete(request)

Fonction qui permet l’autocomplétion dans les formulaires pour les noms d’espèces

Paramètres:

request –

Renvoie:

une liste avec les espèces possibles en fonction des caractères entrés dans le formulaire

genomApp.views.updateComment(request, id_forum, id_com)
genomApp.views.validate_annotations(to_validate)

Fonction qui valide les annotations en mettant à jour la table CodantInfo et en supprimant les annotations correspondantes.

Paramètres:

to_validate –

genomApp.views.valider(request)

Fonction view pour la page de validation d’annotations contenant les annotations à valider et celle qui ont été affectés mais pas encore annotés

Paramètres:

request –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et pas d’accès à la page si l’utilsateur n’est pas connecté ou s’il n’a pas le rôle requis

genomApp.views.view_annotation(request, result_id)

Fonction qui permet la visualisation d’une annotation et des informations relatives à une protéine

Paramètres:

  • request –

  • result_id –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et la page affichée dépend de l’identifiant de l’annotation

genomApp.views.visualisationGenome(request, result_id)

Fonction view pour la page de visualisation des génomes

Paramètres:

  • request –

  • result_id –

Return HttpResponse:

différentes barre de navigation en fonction du rôle de l’utilisateur et la page affiche les résultats en fonction de l’identifiant de l’espèce choisi lors des résultats au formulaire

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